Un « Réveil » de la foi se propage au début du XIXe siècle à partir de Genève. C’est un renouveau doctrinal et spirituel qui plonge ses racines dans les milieux moraves et méthodistes. Ce « Réveil » réaffirme les grandes vérités évangéliques mises en lumière par la Réforme : divinité du Christ, inspiration des Écritures, salut par la foi en l’oeuvre rédemptrice du Christ, etc. Il insiste cependant sur un point particulier: la nécessité d’une foi personnelle.

Cette prédication est accueillie diversement dans l’Église réformée. Mais, fait nouveau, les « missionnaires » du « Réveil » entreprennent d’évangéliser les milieux catholiques, et cela avec certains succès.

Notons enfin, qu’un courant du « Réveil » milite pour la séparation de l’Église et de l’État, ce qui provoque une longue polémique dans le protestantisme.
En définitive, le réveil du protestantisme, c’est aussi son éclatement. Entre 1820 et 1848 apparaissent à côté des Luthériens et des Réformés (eux-mêmes divisés en orthodoxes et libéraux), des communautés indépendantes qui se veulent des Églises de professants, vivant en marge du Concordat, et se réclamant du « Réveil ».

Après la révolution de 1848, une assemblée générale du protestantisme réformé se réunit pour proposer une modification du Concordat. Les discussions préparatoires, qui touchaient la question de la séparation de l’Église et de l’État, sont rendues caduques puisque le gouvernement reconduit le Concordat. C’est finalement sur la nécessité d’une base doctrinale pour l’Église réformée que l’essentiel du débat se porte. Les libéraux ne veulent aucune confession de foi, les orthodoxes en désirent une, mais pas au prix d’une division de l’Église. Seuls quelques hommes dont Frédéric Monod, pasteur à Paris, et Agénor de Gasparin, soutiennent qu’il faut confesser sa foi même si l’unité doit en pâtir. L’assemblée refusant de trancher, ils démissionnent et appellent ceux qui croient que l’Église doit confesser clairement sa foi, à les rejoindre. Frédéric Monod voit son espérance déçue car c’est une toute petite minorité qui le suit; il se trouve dans l’incapacité de constituer une Église réformée évangélique.

Les Réformés démissionnaires sont alors rejoints par des Églises indépendantes et des postes d’évangélisation; c’est cette alliance qui donne naissance à l’Union des Églises évangéliques de France. Le Synode constituant se termina le 1er septembre 1849. Ces deux courants en s’unissant donnaient naissance à une confluence théologiquement nouvelle puisqu’elle unissait l’Église confessante et l’Église de professants. Ce rapprochement fécond, constitué providentiellement, les Églises évangéliques libres entendent toujours le mettre en valeur.